1)企业对审计缺乏正确认识，造成审计环境欠佳。当前，财务审计还是做为项目审计工作的一种重要的审计形式，查错究弊、事后监督，所提建议，大都是事后补救措施，且失去时效，缺乏实际意义。造成审计给人的印象是在查错误找证据的感觉，由此导致被审计单位消极配合，积极防御，双方关系紧张，乃至造成整个工程项目审计环境欠佳，严重影响审计工作的正常开展。而现在推行的全过程跟踪审计，也由于审计部门与项目单位缺乏有效沟通，且推行时间短，认识不足。
(2)财务收支混乱，项目超预算严重。基建财务收支管理混乱。一是核算不规范。有的对工程项目在单位财务账中核算，未单独设账;有的列支与工程无关的支出;有的旧房拆迁收入直接抵冲工程款，致使不能清晰反映工程项目的资金筹集、投资情况。二是违反现金管理条例，直接收取现金作为投标保证金，无法反映投标单位的真实身份。三是用收款收据作为支付工程款的凭据，或以建筑材料发票抵冲工程款，导致对方漏缴税费。
(3)传统的审计方式缺乏足够的新技术和新方法的支持。随着新知识、新工艺和新技术的快速发展，对传统的审计技术和方法形成了很大的冲击和挑战。人性化的电子信息平台和通讯技术日益发达，信息技术被广泛应用于各个领域，单就会计电算化而言，已远远走在了审计工作前面。许多审计还停留在手工查账的基础上，对新技术的应用感到无所适从，更别说技术开发了。目前，计算机犯罪、高智商犯罪呈上升趋势，传统的以手工会计信息系统为基础的审计技术，实不易发现层层设防的隐蔽问题。
在实际审计中还发现很多项目都存在低报价，高结算的问题，超工程项目概、预算现象较为普遍，成为实质性的“钓鱼”工程。究其原因，一是开工前受计划笼子的限制，超一定的规模不能报建，致使有意压低造价报建;二是固定资产方向调节税是建设单位申报的投资额在事前预交，而结算时监督部门对完税情况的检查不力，造成了低报价避税;三是投标中标率高，低报价比较迎合建设单位的愿望;四是结算审计不力，高估冒算。
(4)在工程跟踪审计中工程参建各方不能正确处理跟踪评审的监督服务与各自项目管理的关系。在目前实施全过程跟踪审计的项目中，大部分建设方不能正确分清建设单位管理责任和项目跟踪审计责任的关系，存在“买保险”的心理，认为通过全过程跟踪审计，可以少管理、不管理，一切由跟踪审计人员做主，以期做到推脱自身责任不担担子的目的;工程监理单位也存在只抓质量与进度，造价由跟踪审计单位定，使得其“三控制”中本就薄弱的造价控制环节更加失控;有些跟踪审计单位也存在对全过程跟踪认识不清的问题，实际工作中以自已监督者的身份去代替管理者或者中介监理者，造成事无巨细的独裁者，从而失去了全过程跟踪审计的方向。
(5)审计人员知识、专业结构单一，难以适应开展工程项目综合性审计的要求。工程项目审计是以节约工程建设成本，提高项目经济效益为直接目的审计，它从技术上、经济上寻求提高经济效益途径，属于较高层次的审计，对实施审计的人员来说，除要求具备审计专业知识技能外，还需要知识面宽，素质高。国外工程审计开展比较好的国家在吸纳审计人员方面就比较注重人员素质的综合性。据有关资料，在美国审计总署5200名工作人员中，有2500名会计师，1500名是经济师、律师、工程师和计算机方面的专家。加拿大审计署600人编制中有一半是会计师出身，除此之外还有律师、工程师、环境科学专家、医生、公共管理学专家等。知识结构的多元化，为深入有效的开展各种类型的效益审计创造了良好的条件。
(6)以项目审计代替工程结算审核，给项目带来不必要风险。审计部门进行竣工决算审计依据的是《审计法》和审计署颁布的《基本建设竣工决算审计工作要求》进行的。审计机关与被审单位是一种审计行政法律关系，审计监督只对被审单位产生法律效力，而对其他单位不产生连带法律约束力。既对建设项目进行的审计结果，对施工单位的工程结算不具约束力。项目管理论坛
工程造价结算是由依法取得相关资质的工程造价咨询中介机构依据《建筑法》及建设行政主管部门颁布的各项规章制度、定额、取费标准、图纸等，以承发包合同为基础，计算审核得出的。对甲乙双方都具有约束力，其审核结果可作为双方结算的法律依据。
