工程的质量管理体系依然不够完善。水利水电工程中，工程的质量管理体系能够有效的保证工程的质量，然而目前我国的水利水电工程质量监管体系还相对不够完善，存在着建设单位和监管单位两个部门分属统一部门的现象，另外，监管部门的监管人员不能够及时的对工程的施工进行有效的质量监管。很多单位在施工前，相关的审批手续准备的不足，在进行工程质量评估时，评估工作难以正常进行。
同时，监管工作的效率相对较低，即便工程中存在一些影响质量的问题，也不能够及时的进行解决，这也使工程的质量难以得到保证。工程建设材料中存在的问题。工程建设的材料对工程的质量有着直接的影响，也是工程质量的决定性因素。其中存在以下几点问题：工程用混凝土的配合比例不合理导致的混凝土强度较差；混凝土用水泥的型号不符合标准，在使用过程中稳定性差；混凝土的养护没有及时进行导致混凝土在使用过程中发生质变；混凝土应用的材料质量差，达不到标准的要求；混凝土施工技术水平低下，在使用后难以达到预期的使用效果。从上面几点内容可以看出，工程建设材料存在的问题较多，也相对较为普遍，如果不能够达到使用要求，将会对工程的整体质量造成不可估量的影响。工程施工中的操作问题。
工程的施工质量控制不仅需要控制工程的质量监管和建设用材料的质量，还要注意在施工过程中的具体操作。如果施工技术较差或者施工操作不能够按照施工计划来进行，那么也将会对工程的质量造成直接的影响。如工程施工过程中地基的清理，如果地基的施工没有达到标准要求，那么工程的基础建设就会存在安全隐患；工程的填筑如果分层不合理或者碾压程度不够，也是工程施工操作中常见的问题。因此，只有解决好这些存在的问题，才能够更好的保证工程施工的质量。