一）合同事前管理
选取理论、实践经历丰富的人员作为合同管理者，并对其进行事前培训，使其清楚在合同执行过程中应该注意什么，在开始工作前就为合同管理者打好“预防针”，减少今后会出现的隐患。对于签订合同的双方来说，应当培养合同管理意识，使双方对合同的签订有一个正确的态度，切不可将签订合同当作应付上级的形式，以一种松懈的态度对待。正确的合同管理意识，是保证合同顺利执行的基础，因此一定要端正合同管理的态度。同时，鉴于现在水利工程施工合同条文混乱的情况频发，合同双方因为合同不规范的问题也纠纷不断，因此应当大力推广使用合同规范样本，使合同条文规范化、严谨化，为后续的管理打好基础，避免在合同管理前就埋下隐患；同时，个别施工单位利用自身在业务方面的优势而恶意在合同内容上动手脚，用索赔或是其他不正当手段解决合同纠纷，给对方造成极大的经济损失。为了避免此种情况的发生，在订立合同时，就应严格按照《合同法》所规定的平等、志愿、公平、诚实守信的原则，切不可投机取巧、恃强凌弱。
二）合同事中管理
合同的事中管理只需要注重合同的执行与监督即可，这是合同事中管理中最为重要的部分。对合同的执行进行监督是指在水利工程施工过程中对施工作业进行跟踪检查，对与合同内容不符的情况一一分析、解决，确保施工过程按照合同的要求顺利完成。为了能使实际的施工情况与合同相符，应当建立完善的合同审查考核制度，明确规定考核事项、考核与被考核双方的责任，使得对合同的执行、监督有据可查，建立起考察部门的威信。审查时，一定要尤其注意工程进度和工程质量这两个方面的问题。在工程进度方面，应当严格按照签订合同以及相关部门的规定，要求施工方制定一个详细的施工进度流程表，细化到每月甚至每周计划完成的进度，做好对整个过程进度的把控。工程质量方面，主管部门在施工单位施工前，就应检查施工材料、施工设备是否符合国家要求的标准，严格执行“三检制”。在阶段性的验收时，应仔细检查过程质量，一旦发现不符合标准之处，立马责令施工单位整改，直到符合标准为止，才可进行下个阶段的施工。总之，管理部门和建设单位都应按照合同和国家相关要求，对过程进行执行。
三）合同事后管理
鉴于水利工程施工合同的特殊性，使得经验对于此类合同的管理尤为重要。除了具备理论以外，如何应对不同水利工程项目也十分重要。必须具备一定的经验，才能在真正的操作中如鱼得水。因此，在结束了水利工程施工合同后，应及时对此次施工合同实施过程中遇到的问题进行反思，思考“为什么会出现这样的问题”“是什么环节没有做好使得问题出现”，避免在下次的施工合同中出现类似情况。同时，每次出现的问题都是一次学习的经验，应及时对于解决途径进行回忆甚至记录，看看解决方式是否存在不足，有没有更好的解决途径。经过不断地反思、总结，有利于提升工作人员和单位对于施工合同的管理水平，使得在今后的工作中更加从容、高效。